Hallo,
Also Ventile kannst du gaaaaanz an das Ende deiner Liste setzen. Erstens ist es schwer vergleichbar gute (oder gar bessere) Ventile als OEM zu finden, zweitens brauchst du die ja nur, wenn du die Einlässe erweitern musst.
EDKA braucht für ordentlich Output entsprechend aggressive Nockenwellen, welche ihrerseits eine ordentlich hohe Verdichtung benötigen. Und natürlich entsprechend passende Ventilfedern und wenn nötig, Ventilteller.
Was die ECU angeht, nun sicher kann man auch mit OBD 0 und 1 was anfangen. Allerdings sind die Möglichkeiten eben deutlich eingeschränkter als mit neueren Systemen, welche dann voll programmierbar sind. Über Sinn/Kosten-Nutzen von sowas muss dann der eigene Irrsinn entscheiden. 
Allgemein würde ich aber auch erst mal bei Fahrwerk und Rädern ansetzen. Zusätzlich dann Bremse und Gewicht optimieren. Die alten Hondas haben unheimliches Potenzial, was ihr handling betrifft. Serie schon gut, mit den richtigen Modifikationen dann ein wahrer Traum. Damit kannst du dich allein die ersten zwei Jahre beschäftigen, bevor du Leistung vermisst. 
Mehr Dampf ist für mich immer der Weg für die “einfachen Leute”. 
Edit:
Als Vorbild fiele mir AndrEE aus dem Hondapower.de ein (EE8) und Tristan (B16-Viti oder so), welcher mit einem nahezu serienmäßigen EE9 die Bergrennszene in seiner Klasse ganz schön aufmischt. 
Was ist denn momentan deine Basis in Sachen Fahrwerk/Räder/Bremse?